前總統陳水扁7日公布國務機要費金流，引起外界討論國務機要費除罪化修法議題；民進黨立法院黨團總召柯建銘說，國務機要費就是特別費，而特別費已除罪化，這是歷史共業，這個會期將處理相關修法。
國務機要費案纏訟逾15年，陳水扁召開記者會，公布國務機要費金流，並強調自己「因公支出大於因公收入，沒有不法所得」。對此，外界也掀起國務機要費是否除罪化的討論。
柯建銘指出，國務機要費就是特別費，特別費已經全部除罪化了，為什麼獨留國務機要費沒有除罪化，而且「馬英九都除罪化了，為何阿扁不能除罪化」，這是歷史共業，必須要處理。
至於這會期是否會排審；柯建銘說，會處理，就算國民黨會罵，但這個道理會講的通，該做的事情還是要做。
柯建銘提到，之前特別費修法，6500人全部除罪化，但國務機要費卻還沒除罪化，留下國務機要費不解套，這是否叫正義；歷史真相要還原，這不是藍綠問題，修法也不只是為了陳水扁，也是為了人民，更是所有政治人物都要面對的議題。
其實，立法院財政委員會在去年4月28日就曾排審攸關國務機要費除罪化的「會計法第99條之1條文修正草案」，但國民黨立委質疑這是替陳水扁涉及貪污案脫罪，杯葛議事。在衝突混亂中，排審此案與主持會議的召委、民進黨立委郭國文宣布，「直接送出委員會」。
國民黨立法院黨團大表不滿，並說不承認法案審查過程的合法性。柯建銘當時表示，黨團內部討論後，認為程序正義要完成，擇期再處理、再排審也沒關係，重新來沒問題，不希望留一個瑕疵，遇到就處理，但一定要往前走，政治人物更要面對這一題。
